同一临床阶段的肝细胞癌(HCC)患者预后差异极大，分子分型为个体化精准治疗提供了机会。

2023年12月12日，福州大学刘小龙及吴李鸣共同通讯在Cell Reports Medicine在线发表题为“Integrated omics landscape of hepatocellular carcinoma suggests proteomic subtypes for precision therapy”的研究论文，该研究利用蛋白质组学分析确定了三种具有不同临床预后的HCC亚型，这些亚型在三个公开的外部验证集中得到了验证。

一组与代谢重编程相关的简化蛋白被进一步确定为临床应用的潜在亚型特异性生物标志物。多组学分析进一步揭示了三种蛋白质组学亚型在遗传改变、微环境失调、激酶底物调控网络和治疗反应方面存在显著差异。患者来源的基于细胞的药物试验(N = 26)显示索拉非尼在三种蛋白质组学亚型中的个性化反应，这可以通过机器学习反应预测模型预测。总的来说，该研究为更好地了解HCC亚型为精准临床治疗提供了宝贵的资源。

肝细胞癌(HCC)约占所有原发性肝癌的75%-85%，治疗方法有限且伴有预后不良。大多数HCC患者诊断为晚期，只能接受全身抗肿瘤治疗，效果较差，反应率较低。特别是，HCC患者在同一临床阶段的预后存在显著差异，这使得预测预后具有挑战性。因此，准确的分期及相应的个体化治疗是改善HCC临床预后的关键。

广泛的研究致力于利用基因组和转录组学数据识别HCC的新亚型，但对临床决策的影响有限。蛋白质最终执行真正的生物学功能，代表复杂疾病的真实世界;特别是，蛋白质的重要翻译后修饰(PTMs)不能从基因组和转录组学数据中得知，例如作为重要药物靶点的磷酸化相关激酶。蛋白质组学反映了功能执行体的系统性变化，已广泛应用于癌症和其他复杂疾病的生物标志物发现和治疗选择，为精准医疗提供了无限的潜力。

最近，Jiang等人进行了一项全面的蛋白质组学研究，将早期HCC患者分为具有不同临床结果的三种亚型(SI、SII和SIII)，并确定了预后最差的SIII亚型的治疗靶点甾醇O-酰基转移酶1 (SOAT1)随后，Gao等对乙型肝炎病毒(HBV)相关HCC进行了蛋白质组学表征，并报道了三种相似的HCC蛋白质组学亚型；同时，他们进一步确定了两种与代谢重编程有关的预后生物标志物。这两项研究为基于蛋白质组学的HCC精确分型和预后判断开辟了道路。

机理模式图（图源自Cell Reports Medicine ）

为了将HCC蛋白质组学亚型应用于临床精准治疗，进一步验证HCC蛋白质组学亚型的稳健性和普适性，识别HCC亚型的特征至关重要。此外，HCC的发生发展是一个极其复杂的过程，蛋白质组学还需要与基因组学、转录组学相结合，才能全面、全面地了解分子变化。

该研究全面分析了独立HCC队列的基因组、转录组、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学谱，以揭示和验证蛋白质组学亚型的稳健性和普遍性，并利用机器学习开发了简化的蛋白质组学亚型区分面板。综合多组学分析进一步揭示了分子改变对不同HCC亚型的功能影响。此外，研究人员通过整合蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学，确定了不同蛋白质组学亚型的可操作药物靶点和相应药物，并进一步评估了患者源性细胞(PDCs)的治疗反应。总之，该研究强调了蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学在HCC患者临床决策中的重要性，特别是在精确的预后评估和个性化治疗策略选择方面。

原文链接：

https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2023.101315

转自：“iNature”微信公众号

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