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  • 博士论文|中国农业科学院孟祥熙博士揭示基于自然进化提升Is PETase稳定性以及塑料降解效率的研究

    阅读: 2022/3/22 13:56:27

    PART 01

    前言

    聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)使用泛滥,但非常难降解,导致其污染物在生物圈中广泛分布,从而引发一系列生态和社会问题。目前己发现细菌Ideonella sakaiensis 201-F6可以产生IsPETase降解PET,但是其稳定性和活性较低导致降解效果并不理想,尤其是对于高结晶度的PET,降解效果微乎其微。

    本研究是以IsPETase为研究材料,通过建立一套以进化算法、p-NPP显色反应初筛以及PET塑料降解效果评估相结合的PET降解酶蛋白工程化方法,构建PET降解效率更高的突变体,目的是得到稳定性和催化活性都提高的IsPETase突变体。

    PART 02

    实验方法

    利用IsPETase蛋白序列在数据库NCBI中进行蛋白blast。而后尝试不同的筛选条件进行设计。一种是为了使突变氨基酸避开蛋白质的重要功能位置。先设定Entropy值大于0.7,避开过于保守的位置。再在此范围内选择一致性氨基酸的出现频率与野生型氨基酸的出现频率差异较大的氨基酸进行蛋白设计。另一种是只考虑氨基酸的一致性。如果一致性氨基酸的出现频率大于野生型氨基酸的出现频率65%〇则选择相应的氨基酸进行突变(图2-1)。经实验验证成功的设计方法被设计成在线突变体设计工具Premuse。

    IsPETase突变体的PET降解功能验证

    本部分实验通过将所得到的突变体进行组合。以得到稳定性提升效果最优的突变体W159H/F229Y。并测定其最适温度、最适pH、动力学常数来表征其催化特性的改变。之后,还将对突变体W159H/F229Y的无定型PET和高结晶度的PET降解效果进行验证。从而说明稳定性的提升最终导致其PET降解效果的提升。

    组合突变体W159H/F229Y对无定型PET塑料的降解效果测定

    通过p-NPP显色反应的表征方法,组合突变体W159H/F229Y的稳定性和催化速率均有一定程度的提高,为了证明这些改善的酶学性质可以提高突变体的PET降解效果。我们首先对组合突变体W159H/F229Y的无定型PET降解作用进行表征。将PET塑料片溶于六氟异丙醇,使PET的结晶度大幅下降,从而更容易被ISPETase降解。

    通过对无定型PET塑料降解反应体系进行HPLC分析,利用降解产物的产量来表征对无定型PET塑料降解效果。

    可以发现,无定型PET塑料经过组合突变体W159H/F229Y处理后,产生了明显的三个产物峰,且对相关产物峰进行积分,发现降解产物的总量是野生型的40倍左右(图4-4A、B)。而利用高分辨质谱液质联用手段对PET塑料降解产物进行鉴定,可以分别鉴定到实际荷质比[M-H]-为165.0198的降解产物,对应产物TPA(计算分子量165.0193);实际荷质比[M-H]-为209.0460的降解产物,对应产物MHET(计算分子量209.0455);实际荷质比[M-H]-为253.0730的降解产物,对应产物BHET(计算分子量253.0718)。这与前人报道的特征产物是一致的,能够证明突变体确实对PET塑料又良好的降解作用(图4-5)。本部分实验为下文中组合突变体在PET塑料降解应用提供了实验基础。

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