mRNA可延伸分析思路（突变）

基因突变有很多种类型，其中核苷酸的插入有可能影响基因的蛋白的编码。当某一个基因的突变既可能影响自身的表达，有可能通过影响这个基因的功能从而影响其它基因的表达，所以突变可以作为mRNA靶标可延伸的分析思路。

简单给大家介绍下基因突变可以怎么补充分析以及介绍下分析基因突变和基因表达关系——好用的分析工具

part 1：分析思路

一、研究目的：

某癌当中和插入突变有关的基因都有哪些。

二、分析工具：

经过筛选（工具：ICGC数据库），我们发现有XXX个基因和插入突变有关。

三、分析内容：

突变基因基因特征分析：

1.首先我们可以通过oncoplot来观察突变的类型。

2.另外我们可以对这些有插入突变的基因进行富集分析。观察突变的这些基因主要影响什么功能。

3.取交集，注意交集的思路，比如关注消化道癌症，可以选择食管、胃和肠三个不同癌种当中的突变相关的基因。寻找和三个癌种都有关系的突变基因。

4.为了说明突变的临床意义，我们查看一下基因插入突变对于预后的影响。

5.在基因类型里面选择突变对应基因的类型，如非编码RNA，最后发现某lncRNA的插入突变影响肿瘤的预后。

四、课题假设：

lncRNA XXX的插入突变对于消化道肿瘤预后的影响。

part 2：muTarget数据库

muTarget（http://www.mutarget.com/）：分析基因突变和基因表达关系。

该数据库的操作非常简单~

在“genotype”页面，直接输入你想要查找的基因，同时选择突变类型（编码突变、非编码突变、破坏性突变和所有类型突变）

选择“肿瘤类型-tumor type”，

可自己优先选择偏向的结果table产出，如 all significant genes还是FDA approved drug target genes等等，课题设计思路不同，选择不同，按自己的需求来即可。

最后点击“start analysis”即可。

如图，我们以“TP53基因突变对乳腺癌中哪些基因表达产生影响”为例（TP53突变的生信SCI，尤其结合免疫相关的文章不少，感兴趣的可以自己PubMed检索下这类文章）。

显示的是乳腺癌中TP53突变-表达产生影响的相关基因。

课题思路延伸：如果你挑选了某个单基因展开分析，可以往上思考是否哪些突变影响了该基因的表达，并对这个突变做相关分析（突变的分析思路见part 1）

不同突变状态分组下，该基因的表达结果图，网站自己生成的高清图表，其他基因也可以下载table再另外自己可视化作图~

突变同样是多组学的一块分析内容，属于基因组学，细致的点越发成为课题设计的要点，大家多关注下。

小结：生信这门技能，科研的应用越来越广！而越年轻的时候，能否有一些SCI打基础，对未来的发展差别还是很明显的，越早做打算越好，加油！

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