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  • qRT-PCR引物设计

    阅读: 2022/10/25 15:36:58

    方法一:

    https://sg.idtdna.com/pages

    1. Realtime PCR Tool

    2. Refseq lookup

    3.search

    3. 如果有多个,前面的方框都选上,Design Assays。

    4. 如下图设置好后,点击页面最下面的design assay

    方法2:

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

    1. cDNA序列的获取

    选择gene,输入基因的名称,如下图,然后点击Search 按钮。

    2. 在搜到的结果中,选择种属的基因,单击基因名称,进入该基因的页面。

    3. 找到该基因的对应的转录本的ID,以NM开头,单击。有了转录本的就可以进行引物设计啦,可以把相应的cDNA序列下载下来,方法如下图。

    4. 引物的设计

    在Analyse this sequence 列表中找到Pick Primers单击,方法如下,进入引物设计页面。当然也可在NCBI首页的下部找到Primer-BLAST,单击进入相同的页面。

    5. 然后将PCR product size 设置为100~200bp,返回的引物数这里保持默认的10对,退火温度保持默认。

    6. 关于引物的跨内含子设计主要是为了避免cDNA的PCR过程受到基因组DNA的影响,引物是否跨内含子设计以及引物的特异性检测,这里保持默认设置即可,点击Get Primers 提交任务 。

    7.此外,Primer-BLAST也可以用来设计常规PCR的引物。

    方法3:

    PrimerBank (https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/)。

    1. 在Pubmed上找到该基因的详细信息

    2. 打开PrimerBank,对应输入,点击Submit。选择NCBI Gene ID(即上图第二个框线标注的内容)

    3. 得到如下图所示,可优先选择已确认序列

    来源:废柴一枚

    转自:“斐然智达SCI学术服务”微信公众号

    如有侵权,请联系本站删除!


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