原创 TS的美梦 KS科研分享与服务 2022-05-09 10:20

有小伙伴发来图，想让实现一下，是一个KEGG分析的柱状图，图的特点是文字标签颜色与柱子颜色一样，其实这个图也就这么一个特点，其他的柱状图的特征都没有什么，很普通的ggplot做法，最终效果如下：

首先读入数据，示例数据使用的是之前的文章：复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图。

setwd("E:/")

A <- read.csv("GO.csv", header = T)

library(ggplot2)

library(forcats)

A$Description <- as.factor(A$Description)

A$Description <- fct_inorder(A$Description)

先做一个普通的柱状图。只需要两个参数，一个是gene count，一个是富集的GO或者KEGG terms。

ggplot(A)+

geom_bar(aes(Description, Count),stat = "identity")+

coord_flip()

我们先不急着实现文字标签，先进行ggplot基础的修饰。

ggplot(A,aes(Description, Count))+

geom_bar(aes(fill=Cluster),stat = "identity")+

geom_text(aes(label=Count, y=Count+5),size=3)+

coord_flip()+

labs(x='',y='Gene count', title = 'GO enrichment of cluster')+

scale_fill_manual(values = c('#852f88',

'#eb990c',

'#0f8096'))+

theme_bw()+

theme(panel.grid = element_blank(),

legend.position = 'none',

axis.ticks.y = element_blank(),

plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 10))

接下来就是最后一步了，将文字标签颜色设置为和柱子一样就完成了。我这里是分为了3组，将三组标签赋予对应的颜色即可。

table(A$Cluster)

#Cluster1 Cluster2 Cluster3

#13 12 13

col <- c(rep("#852f88",13),rep("#eb990c",12),rep("#0f8096",13))

ggplot(A,aes(Description, Count))+

geom_bar(aes(fill=Cluster),stat = "identity")+

geom_text(aes(label=Count, y=Count+5),size=3)+

coord_flip()+

labs(x='',y='Gene count', title = 'GO enrichment of cluster')+

scale_fill_manual(values = c('#852f88',

'#eb990c',

'#0f8096'))+

theme_bw()+

theme(panel.grid = element_blank(),

legend.position = 'none',

axis.ticks.y = element_blank(),

plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 10),

axis.text.y = element_text(size=rel(0.85),colour =col),

plot.margin=unit(x=c(top.mar=0.2,right.mar=0.2,

bottom.mar=0.2,left.mar=0.2),

units="inches"))

还不错，其他的细节问题这里就不再赘述了，自行调整吧！

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