做组学分析的时候，想用热图展示差异基因的情况。很多时候尤其转录组，可能得到上千个差异基因，这时候画热图不可能将所有基因的名称显示，一方面太啰嗦，一方面放不下。那么这种既想展示差异基因在样本表达中的全局情况，又想显示基因名称（自己感兴趣的或者对于研究比较关键的），怎么操作呢？接着看：

首先，准备画热图需要的文件，基因表达矩阵。（示例数据，自己瞎编的，没有任何意义）

将数据入读R：

setwd("D:/生物信息学")

A <- read.csv("热图标注特定基因.csv", header = T,row.names = 1)

一般情况下用pheatmap画简单的热图，不过复杂的热图就需要用其他的包了，也就是ComplexHeatmap，学会它，在复杂的热图都能搞定。

加载包：

library(ComplexHeatmap)

先绘制一个很常规的热图：

A <- as.matrix(A) #将表达矩阵转化为matrix

samples <- rep(c('Control', 'Treat'), c(3, 3)) #定义样本分组信息

for (i in 1:nrow(A)) A[i, ] <- scale(log(unlist(A[i, ] + 1), 2)) #对数据进行标准化处理

B <- Heatmap(A,#表达矩阵

col = colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),#颜色定义

show_row_names = F,#不展示行名

top_annotation = HeatmapAnnotation(Group = samples,

simple_anno_size = unit(2, 'mm'),

col = list(Group = c('Control' = '#00DAE0', 'Treat' = '#FF9289')),

show_annotation_name = FALSE))#分组注释

做出的效果如下：

接下来，注释需要展示的基因信息。手动输入或者做一个列表读入，此外为了方便自己创建了一个gene list。

genes <- c("S100A10",

"S100A11",

"S100A9",

"S100A8",

"ILF2",

"RPS27",

"HAX1",

"SNRPE",

"SLFN5",

"CCL5",

"SYNRG",

"MLLT6",

"RPL23",

"NCOA4",

"BUD31",

"TNIP1",

"KDM6B",

"SMG1")

genes <- as.data.frame(genes)

将注释信息添加到热图中：

B + rowAnnotation(link = anno_mark(at = which(rownames(A) %in% genes$genes),

labels = genes$genes, labels_gp = gpar(fontsize = 10)))

做出来的效果如下：一张完美的热图出现了！

除了这个方法，也有人自己编写函数，比复杂。我认为这种能简单就简单，达到自己的目的，取得美化的效果就可以了！

转自：KS科研分享与服务

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