新加坡南洋理工大学Meng How Tan课题组在新研究中发现，纳米孔RNA测序可直接检测A-to-I的编辑位点。

2022年6月13日，《自然—方法学》杂志在线发表了这项成果。

研究人员介绍，肌苷是动物中普遍存在的一种RNA修饰，当腺苷被ADAR家族的酶脱氨后形成。传统上，肌苷是由Illumina RNA测序数据间接识别的变体，因为它们被细胞机器解读为鸟苷。

然而，这种间接方法在外显子通常较短的蛋白质编码区、具有稀少注释的单核苷酸多态性的非模型生物中，或在未知DNA突变普遍存在的疾病背景下表现不佳。

研究人员发现，牛津纳米孔直接RNA测序可用于识别转录组中的含肌苷位点，且准确度高。研究人员训练了卷积神经网络模型来区分肌苷与腺苷和鸟苷，并估计每个编辑位点的修改率。此外，研究人员在人类、小鼠和爪蟾的转录组上证明了它们的效用。

这个方法扩大了研究腺苷到肌苷（A-to-I）编辑的工具箱，并可进一步扩展到研究其他RNA修饰。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41592-022-01513-3

转自：“小柯生命”微信公众号

如有侵权，请联系本站删除！