以下文章来源于植物生理PlantPhysiol ，作者PP

蓝藻（Cyanobacteria）是一类能够进行光合自养的原核生物，被认为是真核生物叶绿体的起源。为了实现高等植物中光合作用机制的阐明，改造光合系统进而制造人工光合系统的愿景，蓝藻是极为重要的研究模型。生命活动的主要承担者蛋白质很少单独行使功能，而是通过与其他蛋白的相互作用，暂时协作或是形成稳定复合物来完成职责。因此研究蛋白质的相互作用（Protein-protein interaction, PPI）是解析其生物学功能和相关生理机制的关键之一。近年来，PPI知识随着蛋白质组技术的发展迅速积累，从而催生STRING、IntAct等数据库的建立，来收集不同物种中的PPI信息和组建PPI网络。然而，与人类、小鼠和其他模式生物相比，蓝藻相关的资源在这些多物种数据库中比例非常小，给相关领域的研究人员带来不便。

近日，华中师范大学的研究团队在Plant Physiology发表了题为“CyanoMapDB: A Database Integrating Experimentally Validated Protein-Protein Interactions in Cyanobacteria”的研究论文，整合了蓝藻中6789个蛋白质之间的有实验证据支持的52304个PPI，构建了在线数据库CyanoMapDB 。

图1. CyanoMapDB的构建流程。

CyanoMapDB从现有的UniProt、STRING和IntAct等数据库中搜集蓝藻PPI信息，从文献中总结整理蓝藻蛋白复合物，并且从五种模式蓝藻（PCC 6803, PCC 7120, PCC 7942, ATCC 51142, NIES-592）的共分馏质谱（Co-fractionation MS）数据中挖掘PPI信息，最后将以上来源的PPI进行了整合并提供了相互作用网络的可视化（图1）。在该在线数据库中，用户可以基于蓝藻蛋白的基因名、UniProt ID或是关键词对蛋白基本信息与对应PPI的信息进行搜索。搜索结果将展示蛋白质信息界面，以及相应的PPI界面与Network界面。在蛋白质界面中，将展示该蛋白信息以及目标蛋白在五种模式蓝藻中直系同源蛋白的信息以供用户参考；在PPI界面中，PPI信息的证据来源将被列出；在Network界面，将会根据目标蛋白的PPI以及其证据来源生成可定制的相互作用网络（图2）。

图2. CyanoMapDB的网站示意图。

该研究由华中师范大学生命科学学院的万翠红教授和计算机学院的蒋兴鹏教授合作完成，博士后彭钊与硕士生李加强为论文共同第一作者。此研究得到了国家自然科学基金与中央高校基本科研基金的资助。

论文链接：

https://doi.org/10.1093/plphys/kiac594

数据库链接：

http://www.cyanomapdb.msbio.pro/

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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