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  • 一文读懂生存曲线及其作图

    阅读: 2022/5/20 14:06:24

    导言

    首先说一下,什么是生存率?

    生存率乃指某生物种群内的每一个体经过一定时限以后生存的机率。如以横轴为经过的时间(日、月或年),纵轴为生存率,则可绘出生存曲线。根据生存曲线的类型可以判断生物种群死亡的规律[1]。

    目前临床或者生命科学领域最常用生存率曲线(也称Kaplan-Meier曲线)来描述各组患者的生存状况或者各组实验动物的存活情况。

    所以呢,我们今天介绍一种比较简单地生存曲线的绘图方法。

    软件

    Graphpad

    图文教程

    动物实验

    动物实验的话,因为受到人为控制,所以死亡和未死亡的都可以统计到,不存在删失的情况。所以,转换为生存曲线作图数据一般是从1到1,或者从1到0。没有从1到0,再到1,再到0的情况。

    这里的话,我们设置两个组,分别为模型组和给药组,每组动物共10只。表格里面记录的是当天存活/剩余的鼠的数量,一共测了15天。

    接下来,我们将上述数据处理为作图使用的数据。

    (一)假设15天为实验的终点

    模型组,从第一天开始给药物就出现死亡,死亡1只,所以天数记为1,作图数据记为1,中间未出现死亡的天数不计。而到了第11天,死亡三只,所以天数记连续3个11,作图数据记为1,也就是在哪一天,死了几只,就罗列几个天数,计数为1。

    给药组因为还有存活鼠,比如,到第15天,还有三只存活,所以15天连续记为三个0。

    最后,我们整理一下数据,将天数放在同一列,将组别数据分开放。

    1. 打开Graphpad软件,选择生存曲线分析

    2. 将上述的数据复制进去Graphpad。

    3. 点击Results中的Survival of Data 1,就可以出现两组比较的结果了。查看第一个统计结果就行,这里表明,两组比较,有显著性差异。

    4. 点击Graph中的Data1,进行作图,按照默认参数进行即可。

    5. 调节线条的颜色,以及粗细。

    6. 双击Y轴,设置Y轴范围和节点。

    7. 设置X轴节点和范围。

    8. 最后,你可以给图形拉一个框(个人喜好),然后你就可以将图形导出了

    9. 当然,上述举例的是两组的比较,如果是多组的话怎么办,你就得两组进行两两比较了,选择analyze,选择分析中的生存曲线,将想要分析的两组进行选择。

    10. 看一下,这里有默认设置,死亡为“1”,存活或删除为“0”。

    11. 然后在Results中,你就可以看到两组对比的差异性了。

    (二) 假设10天为实验的终点

    如果假设第10天是实验的终点,那么数据的处理如下,到第10天,存活的全部记为0。总数加起来依然是10,这也是核对自己是否统计遗漏的办法。

    作图的话,按照上述作图方法进行作图即可。

    (三) 临床实验数据

    1. 点击生存曲线绘图,这里使用软件提供的数据。

    2. 我们会发现,他的数据是从1到0,再从0到1,这是因为在第46天,有病人联系不上,或者其他原因不参与实验,但是又在好好生活,所以为存活,作为删失数据,记为0。

    3. 作图如上述所示,最终我们会发现,做的图中会出现短线,这就是因为有删失数据。

    4. 怎么样,你明白了吗?

    参考文献

    [1] 辛毅,于夫主编.科技采编手册.郑州:河南科学技术出版社,1986.10:33

    转自:医学科研小坑 2022-05-18 22:03

    文章来源于Paper绘图 ,作者超级super栋

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