学术资讯 » 学术资源

  • 首 页
  • 期刊选题
  • 期刊点评
  • 期刊大全
  • 学人博客
  • 编辑征稿
  • 投稿选刊
  • 万维群组
  • 学术会议
  • 万维读书
  • SCI/E期刊
  • SSCI期刊
  • AHCI期刊
  • 复现Nature medicine图表---堆叠柱状图显示每个样本上下调差异基因

    阅读: 2022/4/1 13:57:25

    学习单细胞文章的时候,看到NM上一篇文章差异基因的显示方法。

    图形如下:

    先解释下这样展示的意义(举例可能并不是很恰当):假设我们需要研究某个细胞群分为两个亚群,想要看这两个亚群之间的差异基因变化情况,就可以使用这种方法。先计算每个样本中这两群细胞的差异基因,再将所有样本合并,找出需要关注的基因,就可以作图了。

    因为我们演示数据并没有涉及这样的意义,所以偷懒用了不同群细胞的差异基因构建了用来演示的示例数据。图形本身是柱状图,而且是堆叠柱状图。那么作图需要以下因素,首先是纵坐标的LogFC,横坐标的基因名,还有分组。具体的数据形式如下(差异基因筛选不再赘述):

    接下来用ggplot作图即可,为了让基因排列按照我们拍好的顺序,将其转化为因子排序,这样作图显示基因名顺序就不会变了。

    diff <- read.csv("diff.csv",header = T,row.names = 1)

    library(ggplot2)

    library(forcats)

    diff$gene  <- as.factor(diff$gene )

    diff$gene  <- fct_inorder(diff$gene )

    先做一个基本的柱状图。

    ggplot()+

      geom_bar(data=diff,

               aes(x=avg_log2FC,y=gene,fill=cluster),

               stat="identity",

               colour = "grey50")#柱子边框颜色

    接下来,改变主题,图形方向,填充颜色即可。

    ggplot()+

      geom_bar(data=diff,

               aes(x=avg_log2FC,y=gene,fill=cluster),

               stat="identity",

               colour = "grey50")+

      scale_fill_manual(values = c("#2271b6","#6bafd6",

                                   "#9ecbe2","#fd9272","#fee1d3"))+

      theme_bw()+

      labs(x="Cumulative avg. logFC",y="Gene expression")+

      coord_flip()+

      theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))#X轴

    这样就完成了,就是一摸一样有没有?解锁新的数据展示,快尝试下吧。想要示例数据的小伙伴可以打赏截图联系作者获取,感谢支持!

     

    如有侵权,请联系本站删除!

    浏览(450)
    点赞(0)
    收藏(0)
  • 上一篇:R作图配色---颜色提取及色彩搭配

    下一篇:【学术资讯】“2022年疫情全球化背景下的中国与世界国际研讨会”顺利召开

  • 首页

  • 文章

  • 期刊

  • 帮助

  • 我的

版权所有 Copyright@2023    备案号:豫ICP备2021036211号